Fondation de la secte Gelug Tsong Khapa (1357-1419) créa le monastère de Ganden en 1409. Diplômé de l’ordre austère de Karmapa, sa doctrine mettait l’accent sur la discipline monastique. Cette attitude se reflétait dans le renforcement de l’importance des sutras – les enseignements originaux de Bouddha – par rapport aux tantras – enseignements mystiques plus tardifs. Son mouvement eut tant de succès que de nouveaux monastères furent bientôt ouverts à Sera, Drepung et Tashilhunpo, et la secte prit le nom de Gelug, « les vertueux ». Le Dalaï Lama Durant la direction du troisième leader Gelugpa, Sonam Gyatso (1543-1588), une force mongole envahit le Tibet. Quand le chef mongol, le Khan Altan, rencontra Sonam Gyatso, il fut si ébloui qu’il se convertit immédiatement au Bouddhisme. Dans le cadre de la relation prêtre à fidèle qui suivit, le Khan conféra à Sonam Gyatso le titre de Dalaï Lama ou « Professeur Océanique », titre qu’il appliqua de manière rétroactive à ses prédécesseurs, devenant ainsi le troisième Dalaï Lama. En 1640, quand le Tibet connut de nouveau des désordres civils, le Cinquième Dalaï Lama, Ngawang Lobsang Gyatso (1617-1682) demanda l’assistance de ses alliés, les Mongols. Après avoir ramené la paix au Tibet, les Mongols investirent le Dalaï Lama du contrôle politique complet de son territoire. Le Cinquième Dalaï Lama devint donc le leader spirituel et temporel du Tibet. Il était si compétent, aussi bien dans le domaine spirituel que temporel, que ce Dalaï Lama est aussi appelé le « Grand Cinquième ». Le Dalaï Lama, Tenzin Gyatso, (1935 - ) est le quatorzième. Comme ses prédécesseurs, il est reconnu comme étant la réincarnation du Bodhisattva de la  Compassion, Avalokiteshvara. Le concept de la réincarnation est fondamental à la continuité du lignage du Dalaï Lama. Cette continuité est maintenue par la découverte d’un jeune enfant peu après la mort du précédent Dalaï Lama. L’esprit de vie de celui qui vient de mourir est censé être transféré dans cet enfant qui reprend alors le fardeau prédestiné de Dalaï Lama. Le Panchen Lama Au dix-septième siècle, le Cinquième Dalaï Lama nomma son tuteur, l’abbé du monastère de Tashilhunpo, Panchen Lama ou « le grand érudit ». Cet abbé, qui appliqua ce titre rétroactivement aux trois abbés le précédant, devint ainsi le Quatrième Panchen Lama. Il était considéré comme étant la réincarnation d’Amitabha, le Bouddha de Lumière Infinie. De même que pour la lignée du Dalaï Lama, celle du Panchen Lama est préservée à travers un processus de réincarnation. Le Panchen Lama actuel est le onzième à porter ce titre. Pendant des siècles, le Dalaï Lama et le Panchen Lama s’initiaient l’un l’autre comme leaders divins, le plus âgé prenant habituellement le rôle de tuteur envers le plus jeune. Néanmoins, l’influence du Panchen Lama croissant à certaines périodes, ce dernier en vint à être considéré comme un rival politique plus que comme un allié du Dalaï Lama.